ปลายปีการศึกษา 2537 พระราชนันทาจารย์ เจ้าอาวาสวัดเวตวันธรรมาวาส บริจาคที่ดินจำนวน 5 ไร่ ซึ่งตั้งอยู่บนถนนประชาชื่น ซอยสะพาน99 ริมคลองเปรมประชากร ให้สร้างโรงเรียนมัธยมศึกษาโดยให้ นายชลอ บุญก่อ อาจารย์ 3 ระดับ 8 โรงเรียนนนทรีวิทยา ทำหน้าที่เลขานุการ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการ (ดร.โกวิท วรพิพัฒน์)ในขณะนั้น เป็นผู้ประสานงานและเปิดดำเนินการเป็น โรงเรียนมัธยมศึกษาสาขาโรงเรียนสามเสนวิทยาลัย ในปีการศึกษา 2538 รับนักเรียนชั้น ม.1 รุ่นแรกโดยใช้อาคารฝึกอบรมครูหน่วยศึกษานิเทศก์ เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน
โรงเรียนราชนันทาจารย์ สามเสนวิทยาลัย ๒ ได้รับประกาศแต่ตั้งโรงเรียนอย่างเป็นทางการตามคำสั่งของ กระทรวงศึกษาธิการ ในวันที่ 30 เมษายน 2539 และโรงเรียนยังได้รับพระมหากรุณาธิคุณจาก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวให้ใช้ชื่ออาคารเรียนพิเศษว่า อาคารเฉลิมพระเกียรติปีกาญจนาภิเษก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พร้อมทั้งให้เชิญตราสัญลักษณ์ งานฉลองศิริราชสมบัติ 50 ปีประดิษฐ์ที่ อาคารเรียนในการนี้ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก เสด็จวางศิลาฤกษ์ อาคารดังกล่าว ในวันที่ 21 พฤศจิกายน 2539
สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
เสด็จเปิดอาคารเรียน "เฉลิมพระเกียรติ 72 พรรษา บรมราชินีนาถ"
- วันที่ 28 ธันวาคม 2549 ดรงเรียนได้รับพระมหากรุณาธิคุณ พระราชทานชื่ออาคารเอนกประสงค์ว่า "อาคารเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถเนื่องในโอกาสพระราชพิธีเฉลิมพระชนมพรรษา 6 รอบ 12 สิงหาคม 2547 ในการนี้สมเด็จพระเทพรัตนราชนุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานเปิดอาคารเรียนหลังใหม่
โรงเรียนราชนันทาจารย์ สามเสนวิทยาลัย ๒ เป็นองค์กรแห่งการเรียนรู้ อนุรักษ์พลังงานและสิ่งแวดล้อม มุ่งพัฒนาผู้เรียนให้มีทักษะการเรียนรู้ในศตวรรษที่ 21 มีความคิดสร้างสรรค์ บนพื้นฐานความเป็นไทย ตามแนวทางโรงเรียนมาตรฐานสากล และหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง อย่างยั่งยืน
ลูกราชนันทาจารย์ มีสัมมาคารวะ
Ratchananthajarn’s students shall be humble to the elderly and respectful to all.
แหล่งสร้างคนดี ศรีบางซื่อ
Ratchananthajarn Samsenwitthayalai 2 School produces community minded citizens
ผู้อำนวยการโรงเรียน
กระทรวงศึกษาธิการ 
สำนักงานคณะกรรมการ
